Кетмен-Төбө өрөөнү борбордук Муз-Төр айылында алгачкы жолу 1930-31-окуу жылында 60 балалык Колхоз Жаштар мектеби (КЖМ) ачылган. КЖМдин алгачкы окуучулары Ашыралиев Т., Момункулова К., жана башкалар болушкан.
1934-жылы «КЖМ» толук эмес орто мектепке айланып, Сталин атындагы орто мектеп деп аталат.
1940-жылы мектеп орто мектепке айланат.
1941-42-окуу жылында торт 8-класс уюштурулат.
Ушул жылы каардуу согуш башталып, согуштун кесепетинен 8-класстар жабылат.
1945-жылы 8-классты бутуп иштеп жүргөндөрдүн эсебинен 9-класс уюштурулуп, ага 10 окуучу тартылат 6 кыз, 4 эркек. Мектептин алдында 45 орундук интернат ачылат. Ага аталары фронтко кеткен, көрөр-барары жок балдар тартылган. Ошол кездеги мектептин директору Нургазы Бримкулов болгон.
1946-жылы биринчи жолу 10-классты 10 окуучу бүткөн. Алар: Султаналиева А., Караева, Эсенова Т., Азимова Б., Туркменова С., Момункулова К.. Туркменов М., Абдукеримов А., Токтосопиев М., Кыдырмаев В., болушкан.
1961-жылы мектептин Сталин атындагы ысымы өзгөрүлүп, Жоомарт Бөкөнбаев атындагы орто мектеп деп аталат.

70-жылдын аралыгында бүтүрүүчүлөрдөн 6 илимдин доктору өсүп чыкты. Алар Байзаков У., Туркменов М., Матмусаев У., Ормонбеков Т., Ниязалиев Ш., Назаркулов А.. Бүтүрүүчүлөрдөн Кыргызстанда 1-жолу техникалык илимдердин кандидаты Аскар Медетбеков баш болгон 30дан ашык илимпоздор чыгышкан.
Илимпоздор менен катар 30га жакын спорт чеберлери жана спорт чеберлигине кандидаттар чыкты: Молдодосов Омуржан-оор атлетика боюнча СССРдин спорт чебери, СССРдин Эмгек синирген тренери. Молдодосов Эсенжан-СССРдин спорт чебери, КРнын Эмгек синирген тренери. Майназаров Усон, Орозов Жусуп, Молдодосов Улан-Эл аралык класстагы спорт чеберлери.
Боконбаев атындагы орто мектеби таланттардын дагы уясы: Асанкалый Керимбаев, К.Керимбаева, Ж.Алыкулов, Р.Аманова, Г.Сатылганова, Б.Борбиев. Жаш ырчылар: Г.Батырканова, В.Сатылганова, К.Сатылганов жана башка онорпоздор чыгып жатат.
Аталган мектептен республикага таанымал советтик партиялык жана жетекчи ишмерлер чыгышкан:
Азимкан Козубеков-советтик партиялык ишмер, Токтогул поселогуна зор салым кошкон. Орозов С., Бекматжанова А.,Табалдиев Т.-партиялык-советтик кызматкерлер, дагы ушул сыяктуулар.
Кыргыз Республикасы эгемендуулукко ээ болуп, рыноктук экономиканын өнүгүү жолуна түшкөндө бүтүрүүчүлөрдөн Токтосун Мадьяров, Карема Ашымова сыяктуу кыргыз элине эле эмес чет өлкөгө дагы белгилуу ишмерлер чыгышты.
Ал эми райондогу интелегенттердин жана мекеме уюм жетекчилеринин 50%тен ашыгы Боконбаев атындагы орто мектебинин бүтүрүүчүлөрү болуп саналат.
Ошондой эле мектептен Ч.Орозов, К.Жолдошев, Н.Мырзаков, Т.Суранчиев, С.Раманкулов-медицина, К.Давлеталиев, Б.Насыров-юриспруденция, Д.Турдумамбетов-агартуу, Т.Бекташова-тейлоо, А.Шергалиев-финансы, тармактарында дагы ушул сыяктуулар республикага Эмгек синирген инсандар чыгышкан.

Боконбаев атындагы орто мектебинин 70-жылдык тарыхынын ичинде мектепти жетектеген директорлор: Карпыков К., Ботбаева У., Бримкулов Н., Мамбеталиев А., Молжобаев А., Шаршенбиев К., Козубаева Б., Боркеева А., Жунусов М., Сырнабаев Э., Жусупжанов А., Насыров Ж., Иманалиев С., Абзелов Н., Сатарова Илатбу болушкан.

Акыркы 17 жылдын ичинде мектептен 18 медалист, 12 окуучу республикалык олимпиаданын женүүчүлөрү болушту.
1994-95-окуу жылынан баштап гимназия класстары ачылган. 1999-2000 окуу жылынан бери АКШдан, Франция мамлекеттеринен волонтерлор келишип, англис жана француз тилдеринен окуучуларды окутушууда.
2001-жылы Боконбаев мектеби Жалал-Абад облусу боюнча өткөрүлгөн «Жылдын Чыгаан мектеби» конкурсунда 1-орунду ээлеген. Аталган мектеп райондо базалык мектептердин бири. Азыркы учурда мектепте 96 педагогикалык кызматкерлер, анын ичинде 16 «Эл Агартуу отличниги» эмгектенишип, 1600 окуучу окуп жатышат.